La SE a été conçue pour une utilisation sur piste et a été profondément modifiée, bien au-delà de ce que son apparence laissait supposer : le moteur 5.7 est passé de 492 ch de base à 525 ch en travaillant sur l'injection et l'échappement, le poids a été réduit de 125 kg grâce à l'utilisation de panneaux en carbone et de vitres latérales synthétiques. 

Parmi les caractéristiques distinctives, on peut citer un aileron avec une partie arrière réglable, des roues en alliage de magnésium, des freins à disque plus grands, un volant plus petit et des sièges différents.

Sur les 150 exemplaires produits, 15 étaient équipés d'un kit spécifique qui les rendait aptes à être utilisés en course, bien qu'aucun d'entre eux, connu sous le nom de "Jota" (une référence à l'annexe J du règlement de la FIA que Lamborghini a également utilisé à d'autres occasions) n'ait jamais couru. Et à cause de modifications incluant des échappements "ouverts", ils n'ont même pas été homologués pour la route.