C'est à la Murcielago, arrivée en 2001 et premier modèle lancé après l'acquisition de la marque par Audi, qu'est revenue la tâche de célébrer le quarantième anniversaire de la marque. Conçue par le Belge Luc Donckerwolke, arrivé à Sant'Agata en 1998, elle était équipée de quatre roues motrices de série et de la boîte de vitesses automatisée e-gear en option. Le V12, porté à 6,2 litres, développe 580 ch à 7 500 tr/min.